Lubuntuとか起動すると、起動時に四角のカラフルなボックスが表示されてなにかな〜と思っていたのですが、解説しているページを見つけたのでメモします。

【Raspberry Pi】起動時に画面右上に出る四角の意味

まず、おさらいですがRaspberry Piは赤色PowerLEDは常時点灯です。
このLEDについては電源供給量が足りないと消灯するようです。

USBポートの増設のためには、見えないところでいろいろな変更が加えられている。ボードのルーティングは大幅に改良され、USBソケットのためにより多くの電源が供給できるようになった。もちろん十分に外部電源があればの話だ。そこで、外部からの供給電圧が4.7ボルトを下回ると、パワーLEDが消えて警告するようになった。

で、タイトルの四角の意味ですが、視覚的に異常を知らせる機能とのこと。

赤い四角＝over-temperature （温度異常）85度を超えると出る
虹色四角＝under-voltage （電圧低下）電圧が4.65V以下で出る、なお電圧不足は本体の赤色LEDが消灯する事でも確認できる

Raspberry Pi3はLEDが2つしかないですが、よく考えられているな、と感心してしまいました。