Windows Updateはメリット・デメリット双方を内包した仕組みです。
Microsoftが責任を持ってセキュリティパッチを当ててくれる反面、一度再起動がかかると（場合によっては）結構な時間待たされたりします。
私はLubuntuがメインでWindowsはサブですが、それでも急いでいるときはイラッとすることがあります(*ﾟρﾟ)。
そんなWindowsですが、Windows 10には指定した時間帯は再起動しないようにするオプションがあります。
日中を避けるように設定すれば席を外した拍子に再起動されてしまった、という事態も防げます。
[設定]-[更新とセキュリティ]-[Windows Update]-[アクティブ時間の変更]で設定可能です。
私は朝9時〜21時で設定しています（最大で12時間）。