rsync コマンドはファイル同期を行えるコマンドです。
--delete 引数を使うことで、同期元から削除されたファイルを同期先から連動して削除することができます。

ちなみに、cp コマンドでも -u 引数を使うことで差分コピーが可能です。

rsync コマンド

rsync コマンド詳細

$ sudo rsync -av --delete {SRC}/Dir {DEST}/Dir

引数	概要
-v, --verbose	処理されているファイルの一覧を表示
-a, --archive	アーカイブモード *1
--delete	同期元(SRC)にないファイルを同期先(DEST)から削除する

• *1 archive mode; equals -rlptgoD (no -H,-A,-X)
  

  引数	概要
  -r, --recursive	再帰的に処理
  -l, --links	シンボリックリンクをそのままコピー
  -p, --perms	パーミッションを保持
  -t, --times	タイムスタンプを保持
  -g, --group	所有グループを保持
  -o, --owner	所有者を保持 （root限定）
  -D	デバイスファイル・特殊ファイルを保持
  No -H	ハードリンクを保持しない
  No -A	ACLを保持しない
  No -X	拡張属性を保持しない

cp コマンド

cp コマンド詳細

$ sudo cp -afpRuv {SRC}/Dir {DEST}/Dir

引数	概要
-a, --archive	-d : コピー(SRC)のシンボリックリンクをたどらない -R : 再帰的に処理 --preserve=all*2 : 指定した属性を全て保持
-f, --force	同名ファイルがある場合、強制上書き
-p	mode（パーミッション）、ownership（所有者）、timestamps（タイムスタンプ）*3 を保持
-R, -r, --recursive	再帰的に処理
-u, --update	コピー元(SRC)ファイルがコピー先(DEST)ファイルより新しいか存在しない時だけコピーする
-v, --verbose	処理されているファイルの一覧を表示。

• *2 preserve=all
  all : 可能な限り全ての属性
• *3 各権限
  mode : パーミッション
  ownership : 所有者
  timestamps : タイムスタンプが保持される。その他
  context : コンテキスト情報
  links : ディレクトリ内のハードリンク
  xattr : ファイルシステムの拡張属性
  all : 可能な限り全ての属性を指定可能